因为腺样体是一个没有功能、周围也没有重要器官的组织，只是对鼻腔起阻塞的作用，腺样体切断手术一般没有后遗症。非要说有后遗症，也可能就是因为手术操作中误伤周围的组织。有时候误伤鼻中隔的后端，可能会导致比较严重的出血。
有时候误伤了咽鼓管，会导致耳朵闷住，因为鼻子、耳朵通一个管子，正常在鼻腔后端有一个管腔可以排泄、通气，假如这个管腔被损伤，有可能咽鼓管闭掉，会导致耳闷、分泌性中耳炎的症状。
还有鼻咽部可能做得太深，做到颅底，出血不容易止住，一般没有其他很严重的问题。手术一般不会把腺样体全部切除，通常都会沿着后鼻孔的后端保持一个平面，让鼻腔通气，不要堵塞鼻腔，让鼻腔的气体完全可以通畅地通过即可，并不是要把腺样体完全切除。
有些人怀疑做了腺样体切除手术可能会影响免疫，腺样体不是全部切除，还会保留一部分腺样体组织，所以对免疫功能的影响不是很大。
