非典型川崎病如果合并严重并发症，属于比较严重。非典型川崎病如果合并川崎病休克综合征，或后期出现严重冠状动脉病变，比如冠状动脉瘤或冠状动脉血栓形成、心肌梗死、心力衰竭。部分非典型川崎病的患儿炎症反应比较剧烈，出现巨噬细胞活化综合征、川崎病休克综合征等严重并发症，则不典型川崎病比较严重。

临床中需要早期进行识别和鉴别，及早诊断，给予川崎病正规治疗，尽量减少严重并发症出现，同时降低心血管合并症。早期进行正确、及时、有效治疗，可以改善非典型川崎病患儿预后、提高生活质量。