结核性腹膜炎与肺结核基本的治疗原则和治疗药物大体相同，因为结核性腹膜炎也是由于结核分枝杆菌引起的疾病。肺结核通过最初的一线治疗，如异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇治疗。

如果结核性腹膜炎，合并有其它并发症，比如腹水。在临床上也会通过腹腔穿刺抽液，把腹水抽出来，以减轻腹腔的粘连，有利于疾病的快速恢复。