强直性脊柱炎疼痛分早期和晚期，早期强直性脊柱炎是因为疾病本身的炎症性疼痛，即炎性腰背痛，特点是早上起来疼或后半夜疼，后半夜可疼醒、翻身费劲，晨僵在活动后可减轻，且会出现外周关节如膝关节、踝关节的炎症，炎症性疼痛在患者静止时候也会发生，和机械性疼痛不同。

晚期疼痛包括骨赘形成患者活动受限，磨损引起的疼痛或骨质疏松时出现静息性疼痛，骨桥骨折会出现较剧烈的疼痛。强直性脊柱炎患者还可合并纤维肌痛综合征，纤维肌痛综合征多与心理因素有关，大概5%-10%的患者合并纤维肌痛综合征，疼痛和强直性脊柱炎的物理损害关系不大，和患者情绪、精神因素、休息睡眠、性格有关，需心理科或风湿病科医生干预或行药物治疗。