大部分蛛网膜囊肿没有危险，对人体的影响通常是头痛，严重的可能会导致癫痫，但概率较小，不到1%。所以大部分蛛网膜囊肿不需要特别处理，对人体影响不大。

一些大的蛛网膜囊肿也存在危险情况，如蛛网膜囊肿破裂，会引起大出血。不是每个患者蛛网膜囊肿破裂之后一定会引起大出血，但有一定的风险，严重者甚至会有生命危险。