肺部真菌感染是个不太好治疗的疾病，是否能根治取决于以下两点：

1、病人自身免疫状态和基础疾病，如处于长期免疫抑制状态，如需要服用激素，合并自身免疫性疾病需要使用免疫抑制剂的患者，另外有糖尿病且长期控制不佳的患者，这类患者要治好真菌比较困难。呼吸科常遇到的长期使用抗生素的患者，这类人若不进行抗细菌治疗，基础疾病慢阻肺不会好，经常进行抗细菌治疗虽然会消灭细菌，但是会导致真菌出现，所以这部分病人治疗比较棘手；

2、真菌感染的严重程度及类型。念珠菌感染或者隐球菌感染，尤其是肺部念珠菌和隐球菌感染，经过积极的抗真菌治疗大多数人都能治愈。但是曲霉感染治疗非常棘手，尤其是比较顽固的曲霉，如毛霉、烟曲霉等。这与曲霉的毒力有关，很多时候抗真菌治疗对其不能起到100%彻底杀伤作用，所以曲霉感染想治愈比较困难。