幽门管溃疡是由于在胃出口的特殊的部位，所以潜在的危害可能更大。幽门管溃疡的临床特点是腹痛不具有典型特点，但腹痛会比较顽固。
尤其在进食以后，胃内容物排空时，尤其是粗硬食物不容易排空，会引起比较顽固的腹痛，但又不是典型的空腹疼痛。
另外，典型特点是容易出现梗阻，幽门管溃疡如果发生梗阻，是比较严重的并发症。这时病人频繁呕吐，不能进食，所以有些病人会出现由于不能进食、呕吐所导致的营养不良、消瘦、体重下降和电解质紊乱等。
所以幽门管溃疡相对其它溃疡比较严重，另外，幽门管溃疡更容易发生并发症，如穿孔、出血等。
