甲状舌骨囊肿手术疤痕通常为5-6cm，横行于颈部。切口位于下腭与颈部间交叉的部位，通常患儿做手术后，如果处于低头状态，对面的人不会发现手术痕迹。除非采取仰头姿势观察或患儿自己将头仰起，方可见疤痕。

如果甲状舌骨囊肿患者手术前没有感染，通常均可以做美容缝合。美容缝合即将线埋在皮肤下，手术后不需要拆线。如果患儿不是疤痕体质，切口相对比较美观，位置相对比较隐蔽，复查时通常无法发现切口。