脑内小缺血灶常见于高血压引起的脑部小动脉玻璃样变。血管长期在压力的情况下，管壁会增厚，形成像玻璃样的病变，管壁增厚后会导致管腔狭窄，甚至闭塞，一旦管腔狭窄、闭塞后，供血减少，这块脑组织可能会出现梗死表现，形成小缺血灶。

原因一方面来源于动脉硬化，另一方面，血管内膜受到冲击后会形成斑块，斑块类似于水管上的垢，当垢不结实时，可能有细小斑块脱落，随着血流冲击到远端小血管，小的斑块不能通过血管，就会发生小血管堵塞，从而造成小血管供应范围内的脑组织梗死，形成小缺血灶和梗死灶。除高血压外，糖尿病、血脂异常、同型半胱氨酸等也可导致脑内小缺血灶。