子宫腺肌症真正、较为明确的原因并不清楚。首先有一定的遗传性，部分母亲可能患子宫腺肌症、子宫腺肌瘤，女儿可能会遗传，但不一定发生，只是一种可能性。

其次便是子宫损伤，如反复人流或其他宫腔操作。子宫内膜正常位置在宫腔内，因为反复创伤，子宫内膜移位于子宫肌层内。移位后仍有活性，随着月经周期变化而变化，增生出血。出血排出后，只能积聚在肌层内，不能从阴道内排出，造成子宫肌层破坏，形成小出血灶和小囊腔。子宫损伤后，可能会引起症状，如痛经，部分患者痛经较严重，严重影响生活质量。还会引起出血量较多的情况，主要是因为子宫增大，月经量较多，以及部分患者怀孕困难，或怀孕后容易流产。