多发性肾结石指肾脏内结石较多，治疗方案主要取决于结石位置与肾积水情况。如果结石很多，但非常小，直径小于5mm，采取保守排石即可。如果结石比较大，需要明确多发性结石中最大结石的体积。如单颗直径1cm以上，因不会引起疼痛，也排不到输尿管，不会影响肾功能，可以先观察。
如果多发性结石，最大的结石直径1cm以上者，需要手术治疗。因发展到后期，结石堆积容易影响肾功能，甚至引起肾积水、肾盂口梗阻。可以采用输尿管软镜，镜子经尿道到达膀胱、输尿管，采用激光碎石，碎石后结石呈粉末状、芝麻样，能取出者可以做结石分析标本，不能取出者，可以后续通过尿液排出。可行经皮肾镜术，在腰部、肾脏打洞，形成一条通路，从通路进去，用激光碎石。
