结节性甲状腺肿的鉴别诊断首先需进行病因诊断，然后再对良恶性进行鉴别。桥本甲状腺炎、Graves病或其它疾病常可引起患者甲状腺肿大，同时合并结节或类似结节的表现。

结节的良恶性主要与患者的预后与治疗有关。一般结节增长比较慢，若增长比较快或在青春期出现结节，尤其是男性出现结节，同时超声表现为边缘不规整、内部血流紊乱、纵横比＞1、被膜中断等，均为恶性结节的表现。建议患者行甲状腺细针穿刺，进一步鉴别结节的良恶性，然后对症处理。