秋季腹泻自然病程因人而异，每个孩子有所不同，多数孩子1-2周之内可以治愈，但如果继发其它并发症，病程会更长。秋季腹泻主要是指轮状病毒感染，在秋冬季节特别容易出现轮状病毒感染，通常会出现呕吐、腹泻、发热等相关表现。对于轮状病毒感染，本质上是病毒感染，所以不需要进行抗病毒治疗，也不需要使用抗生素，对于症状缓解和病程缩短没有意义，仅需等待自然病程即可。大概在1周左右，即针对病毒本身1周左右，即可依靠抵抗力压制病毒，相关症状也会随之逐渐好转。

对于秋季腹泻或者轮状病毒感染，比较典型的表现主要是发热和腹泻，其中发热的时长通常是3-5天，多数孩子不会超过1周。经过相应的退热治疗，随着病毒消减，发热也会消退。但是有些孩子，尤其是对于小月龄孩子，经过积极对症的止泻治疗，有些腹泻能够止住，2周之内急性自然病程通常即可治愈。但是有些小月龄孩子，在腹泻过程中会继发乳糖不耐受，整体腹泻时间可能会很长，可能几周，甚至几个月仍在腹泻。在后期，腹泻与原发轮状病毒感染没有关系，为继发乳糖不耐受的问题。但因为表现均为腹泻，所以看起来病程很长。