肠道菌群大概有10^13-10^14，超过人类细胞总和大约30倍，正常情况下，肠道菌群大致分为以下3类：

1、生理性菌群：以专性厌氧菌为主的菌群，主要以双歧杆菌、消化球菌等细菌为主，生理性菌群在肠道内，发挥了重要的生理性功能，帮助降解食物中的成分，调节肠道正常的生理状态，维持肠黏膜屏障，参与肠黏膜免疫的调节，也参与全身的其它功能，比如可以影响大脑、脏器功能；

2、兼性需氧菌：为条件致病菌，主要有肠杆菌、类杆菌，当肠道环境发生变化，比如使用抗菌素，使生理性菌群数量减少或免疫力发生变化后，可能会导致感染的发生，容易在重症病人出现；

3、致病菌：可以导致肠炎等疾病的细菌，为过路菌，不会在肠道内定殖，比如变形杆菌、芽孢梭状杆菌。由于一些原因，比如食品被这些细菌污染，通过进食进入到肠道，造成肠道感染，比如细菌性痢疾、急性细菌性肠炎。