目前随访观察，如果川崎病没有遗留心血管后遗症，患儿预后良好，生长发育大致正常。如果早期川崎病患儿血管炎比较严重，出现严重冠状动脉并发症，导致冠状动脉瘤甚至冠状动脉血栓形成，对患儿长大后影响比较大，可能后期容易出现缺血性心脏病或心肌梗死，甚至冠状动脉狭窄、心力衰竭。部分患儿需要进行冠状动脉搭桥手术或冠状动脉介入手术，甚至早期合并严重缺血性心脏病，可能需要进行心脏移植等治疗，这部分患儿可能对长大后会有严重影响。

目前研究资料表明，大部分川崎病患儿长大后没有明显影响。但因为川崎病是血管内皮炎症，有部分研究显示，幼时患川崎病的患儿到中晚年，因为早期可能冠状动脉受累出现炎症，后期出现冠状动脉粥样硬化、冠心病概率较高。