部分新生儿在出生后，无法自主呼吸或自己呼吸无法为全身提供足够的氧气，因此必须使用呼吸机。新生儿使用呼吸机后，可能会造成以下损伤：

1、气管导管插入气道时，可能在操作中出现损伤，如声门、咽喉、气道存在损伤的可能；

2、新生儿长期使用呼吸机，可能会出现肺部和支气管的发育不良，造成肺部纤维化等情况，可能影响到儿童未来的呼吸功能，可能会出现咳嗽、喘息、生长发育相对迟缓等症状。

因此，在使用呼吸机后，需要根据患儿的病情，及时做出相应判断。如果病情好转较快，可以及时撤出呼吸机，避免造成严重的损害，同时后遗症的发生率也会较少。