细菌性心内膜炎患者要尽早、足疗程的应用抗生素治疗，最多见的感染细菌是草绿色链球菌，首选青霉素静脉治疗，对于青霉素过敏的患者可以选择红霉素类抗生素。细菌性心内膜炎不像其它部位感染，比如尿路感染、肺部感染等感染，尿路感染可能使用抗生素一周就可以治愈。但是细菌性心内膜炎抗生素的疗程较长，大多都在四周以上。首先经验性的应用抗生素治疗，观察疗效怎么样，同时要通过血培养来确定病原菌，再针对性进行抗感染治疗，可以减轻对心脏瓣膜的损害，保护心脏功能，防止和减少并发症发生。但是对于药物难以治愈的病原体感染病灶，可以考虑进行外科手术治疗。

其它的治疗方式包括对于并发症处理，例如出现心力衰竭，需要进行抗心衰的处理。细菌性心内膜炎多见于有先天性心脏病或者后天性心脏病人群，当细菌进入人体血液之后，随着血液周游全身各个器官，当流到心脏的时候，因为心房心室壁光滑，不可能在此停留发生感染，但是当瓣膜有炎症或者损伤时，细菌可以停留下来，再次生长繁殖，引起瓣膜的发炎。另外有先天性心脏病的患者，心脏有缺损，血流经过缺损部位容易停留引起炎症，所以在治疗的时候，要足疗程的应用抗生素才能彻底治愈。