灰指甲是指甲的真菌感染，指甲营养不良指的是指甲生长发育方面各种不正常，造成指甲凹凸不平、指甲萎缩，指甲营养不良跟灰指甲有差异。指甲营养不良、萎缩、凹凸不平分离时，如果继发真菌感染，甲营养不良和灰指甲同时存在，很多时候仅仅是指甲营养不良。

最简单的检查是把指甲刮碎屑，在显微镜下做检查，看有没有真菌存在。如果有真菌存在，是继发真菌感染，同时合并了灰指甲。如果没有真菌存在时，不一定是灰指甲，这时最好对患者进行全身皮肤检查，看是否有湿疹、银屑病、扁平苔藓等方面的问题，这时会造成指甲营养不良。还可以做指甲病理检查，把指甲切一小部分，在显微镜下染色以后看是否正常、有没有真菌存在，才能判断是否为灰指甲。