系统性红斑狼疮患者最常损害的部位主要包括皮肤和黏膜，约80%的患者在系统性红斑狼疮病程中都会出现皮疹，这些皮疹包括全部呈蝶形分布的红斑、盘状红斑，跖掌部、甲周部红斑，另外口腔与鼻腔黏膜可以出现溃疡，头皮可以出现脱发等情况。
除了这些皮肤黏膜以外，比较重要的脏器受累部位是肾脏，有报道显示在系统性红斑狼疮患者的病程中，30%-70%的患者可能出现肾脏受累的情况。根据有肾穿结果的研究显示，大概100%的患者都可能会出现狼疮性肾脏的损伤。狼疮出现肾损害主要的临床表现是蛋白尿、血尿、管型尿等，还有水肿、高血压，乃至肾功能不全的情况出现。有部分患者在肾脏受累时无明显临床表现，只是在检查尿常规时发现有镜下血尿，或有少量蛋白尿。肾脏是系统性红斑狼疮比较常见的重要脏器受累的部位。
