卵巢巧克力囊肿即异位的子宫内膜生长于卵巢内，而正常子宫内膜应该位于宫腔内。子宫内膜异位生长于卵巢内，可引起月经时出血，逐渐形成囊肿，称为卵巢巧克力囊肿，属于子宫内膜异位症中最为常见的一种类型。

之所以称之为卵巢巧克力囊肿，因为将卵巢子宫内膜异位囊肿切开后，内部存在大量巧克力样液体，百姓称之为卵巢巧克力囊肿。