肺部真菌感染比细菌感染难治，但真菌较少引起肺部感染，一般免疫力正常患者不易出现真菌感染，自身免疫力低下时才易患肺部真菌感染。肺部真菌感染和细菌感染疗程相比较长，而且药物选择有一定区别，相对而言比较难治。

对结构性肺病，若自身肺部结构破坏，在免疫力低下情况容易发生真菌寄生、定植。治疗结束基础疾病控制较差，抵抗力低下时容易反复，所以真菌感染疗程相对较长、治疗比较困难。在机体免疫受损情况合并真菌感染，需要用抗真菌药物来进行治疗，此时比细菌感染难治。