唾液腺囊肿自愈的可能性较小，较大概率不会治愈。因为唾液腺在反复的导管阻塞，或者机械性刺激后，会形成上皮化，唾液腺囊肿上皮形成后，较难自我消退。口腔内的唾液腺囊肿，主要发生在大唾液腺或者小唾液腺。
大唾液腺囊肿主要发生在舌下腺，舌下腺囊肿一旦形成，会形成口底区的囊肿样改变。另外，口唇以及颊部分布有较多小黏液腺。无论大唾液腺，还是小黏液腺，导管口被结石或者反复的机械刺激之后，导管口无法将唾液分泌出，就会形成唾液腺囊肿，或者称为黏液腺囊肿，黏液腺囊肿会产生反复的炎症刺激。因此，确诊黏液腺囊肿后，应尽快就诊，进行鉴别诊断，确定合适的治疗方案，以免产生误诊。
