咳嗽有一定保护作用，可以清除外来病原微生物，病毒、细菌等，病原微生物刺激咽喉部、呼吸道、气管，机体会形成咳嗽反射。咳嗽反射会通过气管上的纤毛摆动，将病原微生物通过咳嗽的动作排出体外，减少病原微生物的侵入。

如果有异物吸入气道，机体会反射性做出咳嗽、呛咳的动作，是一个比较重要的保护机制，将呛入的饭团、饭粒、小骨头、汤汤水水咳出，以免误入气道，引起局部炎症。因此咳嗽较多情况下是一种保护性机制，但需要注意的是，频繁咳嗽会对身体产生一定损害。