结肠镜与肠镜相同，所谓的肠镜检查主要检查结肠，结肠镜检查是通过肛门进镜，随后观察直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠以及升结肠，对于部分患者还可以通过回盲瓣观察回肠末端的情况。通过结肠镜检可以明确肠黏膜是否有无特殊的溃疡、糜烂、是否存在占位性病变、是否存在结肠息肉以及结肠癌的可能。

如果需要检查小肠，往往需要应用小肠镜，小肠镜检查较为复杂，可以通过经口检查，也可以通过经肛检查，在镜下观察小肠。胃、十二指肠后的部位称之为小肠，如果经口检查只能检查一部分小肠，并不能完全达到贯通，剩下的部分可能会通过结肠再次进行检查。但由于小肠疾病较为少见，多数人仍会选择进行结肠镜检查。