脑炎后遗症的病因主要为治疗不及时或者病情太重，如刚开始脑炎发病比较轻，患者认为可能是轻微感冒，没有引起足够重视，自己吃感冒药，结果病情没有得到控制，最后病情严重才来医院，这时使用抗病毒药物可能有拖延。另外，抗病毒要足量，周期足够长。部分脑炎按教科书治三周即可，现在特殊病人都需要用2个月左右。
现对结核性脑膜炎诊断确实存在困难，拖后治疗可能病人留下一定残疾，隐球菌脑膜炎诊断较困难且药物较昂贵，并发症较多，病人不能耐受，留有残疾较多。化脓性脑膜炎较凶险，应注意抗生素选择，所以最主要问题是及时救治，根据病情程度足量、足疗程选择药物。
