自身免疫性脑炎患者度过急性期后，部分患者可遗留一系列后遗症，对其生活质量和回归社会产生较大影响，常见后遗症如下：

1、癫痫发作：急性期癫痫发作者使用免疫抑制剂、免疫调节剂治疗后效果明显，大部分患者能够得到控制，部分患者遗留慢性癫痫，需按照癫痫诊疗原则进行治疗；

2、认知记忆功能障碍：辅助进行神经康复，包括作业治疗、认知康复训练，有助于恢复；

3、心理障碍：如焦虑、抑郁。