萎缩性胃炎指胃黏膜出现萎缩与肠化，并不是整个胃出现萎缩，胃黏膜萎缩最主要的原因为幽门螺杆菌感染。因此，治疗萎缩性胃炎最好、最重要的方法及预防进展的方法就是根除幽门螺杆菌。根除幽螺杆菌临床上使用三联或四联疗法，国外用三联方法，我国主要推荐四联疗法。四联根除方法主要为一种抑酸剂、一种铋剂、两种抗生素联合应用，治疗疗程为10-14天。根除幽门螺杆菌后，萎缩性胃炎病情不再进展。此外，还可使用胃黏膜保护剂，使用胃黏膜保护剂后再使用抗氧化剂，常用抗氧化剂有硒、叶酸，二者对阻止萎缩性胃炎发展有一定的作用。

对于萎缩性胃炎患者最重要的是定期复查胃镜，虽然萎缩性胃炎是胃癌的癌前病变，但萎缩性胃炎发展成胃癌的比例非常低。如果患者发现萎缩性胃炎，成功根除后定期复查胃镜，医生会了解萎缩性胃炎的发展情况，从而判断患者情况。早期根除幽门螺杆菌会使得萎缩性胃炎得到控制，对于预防胃癌有很大好处。