手指甲内疼痛的原因主要如下：

1、感染：如甲沟炎，或真菌感染导致的灰指甲，可造成甲床破坏，从而出现指甲内部疼痛；

2、指甲病变：可与囊肿或关节疾病有关，如黏液性囊肿在甲根部挤压或甲根受到损伤时，易导致指甲生长障碍而出现疼痛；

3、骨疣：部分指甲疼痛由骨质增生导致，如骨疣在甲下增生时指甲向上凸起，形成肿物样改变；

4、肿瘤：如果出现局限性明显疼痛，常与肿瘤有关，如血管球瘤常为甲床下局限性病变，触碰后出现局限性剧烈疼痛，温度变化可诱发疼痛，如冷水刺激等。