引起甲状腺结节疼痛的原因如下：

1、亚甲炎：称巨细胞性甲状腺炎，是一种与病毒感染相关的自限性甲状腺炎，一般不遗留甲状腺功能减退症。起病前1-3周经常有病毒性咽炎、腮腺炎、麻疹或其它病毒感染症状。急性炎症破坏甲状腺组织，主要表现为甲状腺明显疼痛和压痛，可以放射到耳后，吞咽时疼痛加重，可以出现发热、乏力以及甲状腺毒症相关症状；

2、营养结节的血管破裂：突然局部出现血肿，或称为囊内出血，甲状腺体积会突然增大，并出现疼痛症状。

当甲状腺结节伴有疼痛时，应当立即到医院进行抽血检查，需要进行甲状腺功能和抗甲状腺抗体球蛋白及抗甲状腺过氧化物酶抗体检查，分析是否存在甲状腺炎，看近期有无合并上呼吸道感染和鼻咽疾病，同时进行甲状腺B超检查，明确是否存在甲状腺结节增大。