房间隔缺损开胸手术具有一定风险，但总体来讲比较安全。凡是涉及心内手术的操作都具有一定风险。通常对于较大的房间隔缺损，或者是合并有其它心内畸形的房间隔缺损，在不适合于介入治疗情况下，均选择外科开胸手术治疗。相比于介入治疗，外科开胸手术手术风险更高，主要体现在两个方面，建立体外循环可能有血栓、气栓风险；手术操作可能造成房室传导阻滞风险和问题。
虽然房间隔缺损手术相对于所有心内操作手术风险较低且可控，但不能排除并发症的可能，其实房间隔缺损做完手术之后，包括颅内小的空气栓塞，这种情况其实并不罕见，往往房缺心内排气的这个工作不是很好完成，小的气泡不容易发现，有的患者术后会有一过性的脑梗，甚至严重的会留有脑梗，这个即便在手术技术这么完善的今天也不能够完全避免。所以，房间隔缺损开胸手术还是有一定的风险，但是总体来说还是比较安全。
