大拇指甲盖凹凸不平，主要原因如下：

1、甲根受压或受损：如甲根处关节囊肿压迫甲根，会导致受压部分甲根不能生长出较好的甲床，表现为甲盖不均匀或凹凸不平。另外，骨折固定的克氏针压迫甲根后可出现甲根生长受损，也会导致甲盖凹凸不平；

2、甲床感染：如甲癣，即真菌感染破坏甲床引起指甲凹凸不平，有时会干枯、增厚；

3、免疫力下降：劳累、紧张、睡眠不良、内脏疾病等会导致免疫力下降，此时指甲生长和代谢受阻，会出现甲盖凹凸不平，且10个手指都会出现凹凸不平。偏食、营养不良、消化道疾病、维生素和微量元素摄入不足等也会导致指甲的甲盖凹凸不平，10个手指都有症状，而不仅是1个手指。