小三阳和大三阳与疾病的严重程度之间没有对等关系，不能够根据病人是大三阳，还是小三阳来判断疾病的轻重。所谓大三阳、小三阳的差别，就在于e抗原是阳性，还是阴性。e抗原阳性是病毒复制的一个指标，一旦发生大三阳转小三阳，就代表乙肝进入免疫控制期，往往意味着病人进入相对稳定的状态，病情也会相对比较平和。
有研究发现，在机体的免疫系统和病毒斗争的过程中，当免疫系统占上风的时候，乙肝病毒就会被清除，从而发生大三阳向小三阳的转换，这种情况在医学上称为e抗原的血清学转化。此时患者发生肝硬化、肝癌的比例就会小很多。如果小三阳患者肝功能正常的情况下，病情也会相对稳定，肝炎复发的几率也会降低，但是小三阳不一定比大三阳好，肝癌的发生率也不一定会低。
如果患者检查结果是小三阳，同时病毒复制比较高，肝功能出现异常，对于这些患者也需要及时治疗。因此，乙肝患者不能够仅凭检测结果是大三阳，还是小三阳，来判断自己的病情是好转，还是恶化。
