骨髓增生异常综合征晚期会出现严重贫血，血红蛋白小于60g/L，会出现相应的组织缺血缺氧症状，比如贫血、全身乏力、耳鸣或者心肌缺血表现，最严重可能导致贫血性心脏病。由于长期输血，患者可以会出现铁过载的现象，导致血色病，当多余的铁沉积在心脏、肝脏、胰腺以后会出现相应器官改变。

此外，骨髓增生异常综合征患者到晚期会出现难治性的血细胞减少，也会继发感染。血小板非常低可以出现重要脏器出血，比如消化道出血或颅内出血。