服用避孕药后第二天小肚子痛，需明确服用的是短效避孕药还是紧急避孕药，具体如下：

1、短效避孕药：可能是患者存在子宫或附件炎症，即轻度盆腔炎，可导致小肚子痛，一般与短效避孕药无关；

2、紧急避孕药：需考虑到前一天同房后是否造成患者黄体破裂，如果患者处于月经周期黄体期，同房时剧烈的外力撞击，可导致患者的子宫和卵巢发生一定移位，较脆弱的卵巢可发生黄体破裂。黄体破裂的情况下，卵巢有较多出血，血液积聚在盆腹腔内可导致患者产生一定的盆腹腔刺激症状，从而出现小肚子痛。此时需及时到医院就诊，进行超声检查，排除黄体破裂情况的发生。