一旦确诊真菌性鼻窦炎，通常需要手术治疗。鼻内镜手术整体是从鼻腔进入，外面没有伤口，属于微创手术。如果只有单纯的真菌性上颌窦炎或真菌性蝶窦炎，只需将上颌窦口或蝶窦口打开，清除内部霉菌组织，可能达到治愈目的，手术相对较小。

同时存在筛窦病变或额窦内部有阻塞，此时全组鼻窦发生真菌感染，需要将全组鼻窦做开放手术。手术相对单纯的上颌窦开放或蝶窦开放手术范围大，因此手术相对较大。