巧克力囊肿通常不能自愈，因为巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上，也称为卵巢子宫内膜异位症。卵巢子宫内膜异位症会受每月雌激素和孕激素影响，从而出现周期性腹痛症状，且可能出现进行性加重。

部分患者也可能多年变化不大，但总体呈现逐渐加重趋势。当轻度或者子宫内膜异位囊肿较小时，如囊肿直径＜4cm时，可采用观察治疗，且部分患者也可受孕。但当囊肿直径＞4cm时，则需要积极地寻求专科医生帮助，进行手术治疗。目前巧克力囊肿治疗办法，主要有药物治疗和手术治疗。