心脏房间隔缺损是否严重需要观察患者的发病年龄，以及房间隔缺损大小和进展。房间隔缺损＜2mm且无症状，该疾病病情较轻。部分患儿存在自愈可能性，需积极防治上呼吸道感染，避免出现感染性心内膜炎。房间隔缺损＞4mm并出现心慌、气短和咳嗽等症状的患者需要引起充分重视，出现症状的年龄越小，病情进展越快，可能引起心衰并危及生命。
较大房间隔缺损由于左向右分流较严重，逐渐增加右心负担会出现肺动脉高压、右心室肥厚。最严重情况是出现右向左分流，临床表现为口唇皮肤黏膜发紫及咳血等，医学称为艾森曼格综合征。此情况属于病情最严重终末阶段，表示患者失去手术挽救机会。
