如果确定有幽门螺杆菌感染，而又不存在相对抗衡的因素，也不存在根除治疗的禁忌证，临床推荐应该进行根除治疗。根除治疗最强的适应证，如果是消化性溃疡病的患者胃里有溃疡，哪怕是既往溃疡，是陈旧性溃疡，也需要进行幽门螺杆菌根除。胃黏膜相关的淋巴瘤在早期单纯进行幽门螺杆菌根除以后，病人淋巴瘤的病理变化就可以完全逆转，所以也是幽门螺杆菌根除的绝对适应证。对淋巴瘤的治疗，甚至根除幽门螺杆菌以后都不需要进行化疗。

此外，还有很多需要进行幽门螺杆菌治疗，病人会有明显获益。如胃里有明显糜烂，有胃黏膜萎缩，服用非甾体抗炎药的病人，或由于长期烧心、反酸，不能停用强制酸药，如奥美拉唑、雷贝拉唑等药物的病人。还有如胃肠道外不明原因的贫血，如血小板减少性紫癜的病人，也都推荐进行治疗。还有消化不良的病人，基于症状，幽门螺杆菌根除以后症状也可以达到长期缓解，也应该进行治疗。对于有胃癌高危因素或早期胃癌，或已经因为胃癌进行手术治疗以后，仍然有幽门螺杆菌感染的病人，都应该基于预防胃癌再发，进行幽门螺杆菌的根除治疗。