晚期或者恶性的胃肠道间质瘤患者能活多久，通常存在个体差异，根据诊断时疾病的不同阶段，胃肠道间质瘤恶性晚期的5年相对生存率从53%-93%不等。
局限性患者，即肿瘤仅限于其发生的器官，5年相对生存率为93%，即93%的患者至少能够存活5年。如果肿瘤已经长到附近的组织结构，或者扩散到附近的淋巴结，患者的5年相对生存率为81%。如果肿瘤已经扩散到身体的远处部位，患者的5年相关生存率为53%。
总体而言，靶向药物的出现，极大改善了胃肠道间质瘤的治疗现状，复发转移或无法手术治疗的胃肠道间质瘤患者，中位生存时间已经从1.5年提高到了5年以上，甚至20%的患者可以生存超过10年，这在21世纪以前几乎是不可想象的事情。因此即使是晚期的患者，也应该以积极心态配合治疗，争取获得最佳疗效。
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