阴道镜活检，一般在行阴道镜同时进行。阴道镜医生在行阴道镜时，会通过醋酸染色或碘染色方法，观测宫颈或阴道区域有无病变。若观测到典型或怀疑病变部位，一般通过活检钳，在病变最明显地方取样。
大多数患者可以耐受取样造成疼痛，且取样较快，基本在几秒钟内，即可完成1个部位取样。一般会取4-6个点，要根据病变范围大小，以及严重程度决定。
若病变范围较小，只是可疑，部分医生可能只取1-2个点，一般是对于宫颈而言。阴道有时可能通过活检钳，取1-2个部位。
外阴需根据情况而定，有时阴道镜下行外阴活检，部分医生可能直接用活检钳取，此时较疼。因为宫颈相对神经较少，疼痛不明显，外阴较敏感，刺激后较疼。所以注射局麻药后用电环取，疼痛可能较轻。
