普通脑炎在治疗过程中使用激素一般为短期、小剂量，在医师正确指导下通常无明显副作用。特殊脑炎可能需要大剂量或长期使用激素，可能出现副作用，主要包括以下几点：

1、急性期大量使用可以降低抵抗力容易引起感冒或原有感染扩散；

2、可以影响钙质吸收导致骨质疏松，严重会有股骨头坏死；

3、可以出现高血压、高血糖、水肿、电解质紊乱等；

4、可以出现胃溃疡引起胃痛；

5、长期使用激素还可以出现库欣综合征，表现出满月脸、毛发增多、脂肪向心性分布，同时影响身高。

所有副作用在医师严密监测下很大程度可以避免或减轻，停药以后大部分可以恢复正常。