房间隔缺损主要危害是影响生长发育、日常生活和工作，引起并发症以及影响寿命。房间隔缺损引起左心血液向右心分流，分流血量取决于左右心房之间压力差以及缺损大小。房间隔缺损患儿会出现喂养困难，导致进食减少从而影响生长发育，体重和身高均可能落后于同龄儿童。
临床常见呼吸困难、乏力、心慌、咳嗽等症状，体检时在胸部可闻及心脏杂音，在胸骨左缘第二三肋间可闻及收缩期吹风样杂音，可能对升学及工作造成困扰。房间隔缺损患者随病情发展可能出现心律失常、右心功能不全、肺动脉高压、栓塞、感染性心内膜炎等相关并发症，治疗不及时会引起充血性心力衰竭危及生命。回顾性临床研究表明若不进行手术干预，房间隔缺损患者平均寿命只有36岁。
