胆管细胞癌发生机制并非十分明确，主要和胆管反复发生炎症有关，如胆管结石，形成胆道感染，引起胆系增生、周围纤维组织增生，可出现癌变。另外，寄生虫或经常服用致癌物质均可导致癌变，但具体机制尚未研究明确。

胆道系统是从末梢胆道逐渐汇流成肝总管，肝总管再和胆囊管汇合之后形成胆总管，胆管细胞癌指末梢胆管到肝门汇合处出现异型增生。胆管细胞癌主要和胆道慢性炎症有关，如在检查中发现或感到稍有不适，发现患有胆管炎，则需及时就诊，减少发生癌变的可能。