在临床上头部CT和核磁共振存在明显区别，头部CT对于脑干部位的显示不太清晰，核磁共振对脑干部位的部分病变显示比较清楚。头部CT和核磁共振需要在不同的状态下选择使用，比如在急诊时怀疑发生脑血管病的病人，常需要进行头部CT检查，因为核磁共振有时在周末无法进行，且核磁共振的预约时间较长。进行脑部CT时可排除是否存在脑出血或蛛网膜下腔出血的情况，如果经过医生判断，考虑可能是脑梗，而排除脑出血，不影响患者的治疗。

患者进一步明确病变时需观察到细致病变，因为头部CT只有一个序列，而核磁共振有很多序列，如有T1、T2、FLAIR、DWI、SWI、PWI等。对于脑梗的急性期病变，除诊断脑出血外，对于脑梗等脑血管病、脑出血的急性期等，均可以明确显示，对于脱髓鞘病变或其他疾病也可以帮助定性，首先明确有没有发生病变，其次病变性质如何，所以核磁共振在临床中比较重要。