胸椎结核的确诊主要是在流注脓肿中找到结核分枝杆菌或病理切片诊断。它的病原菌主要是人型结核分枝杆菌，一般不能直接侵入骨或关节的滑膜引起骨与关节结核，主要是继发于原发性肺结核或胃肠道结核，通过血液传播所致。
胸椎结核患者病变部位穿刺活检以及手术后病理组织学是确诊的重要方法，病理学检查见到典型结核性肉芽肿，且通过抗酸染色或其它细菌学检查，证明为结核分枝杆菌感染是确诊的依据。如果依据临床表现和术中所见考虑为结核，而病理检查未见到典型的结核性组织改变，涂片或结核菌培养的细菌学证据，同样可以确立结核诊断。因此在结核病灶清除术中，细菌学标本的提取与送检是必要的。