外用药物通常不能使腱鞘囊肿消除。如果为了减少腱鞘炎，减轻囊肿周围的无菌性炎症和疼痛，可以使用扶他林外涂或活血止痛的膏药外贴。在炎症减轻后，囊肿也会有所软化和缩小。

除非是刚形成的腱鞘囊肿，用手挤压使其破裂后，再用抗炎镇痛的药物，或外用药物可能会治愈。如果已经形成一段时间，较成熟的腱鞘囊肿使用外用药物不可能治愈和消失，需要进行手术切除，完整切除后可能才会治愈。