胆管癌根据发生的部位可以分为肝内胆管癌、肝门部胆管癌及肝外胆管癌，均起源于胆管上皮。尽管部位不同，但形态基本均相同。胆管癌镜下形态可以分为较多种类型，如乳头状，即乳头状腺癌；可以长成硬结状；也可以有黏液腺癌，甚至长成印戒细胞样胆管癌。上述胆管癌病人早期比较容易出现黄疸，所以病人通常因为黄疸就医。

临床还可以根据显微镜下细胞的分化程度进行分级，比如高分化、中分化、低分化。分化越高，恶性程度相对越低，可为临床提供治疗和预后的证据。