射频消融治疗是一种微创治疗手术，对人体基本没危害，但仍然有一些并发症，其主要并发症有发热、皮肤烧伤。皮肤烧伤主要是因为体外电极片贴合皮肤时二者贴合不紧密造成，一般主要发生于大腿根部。

此外，当患者带有心脏起搏器时不能做消融治疗。对于不同部位肿瘤消融治疗还可能出现不同的并发症，比如肺癌消融可能会出现气胸、咯血。肿瘤消融后瘤体感、气管胸膜瘘等。

肝癌消融会出现肿瘤感染、胆瘘、出血，脏器比如膈肌，肠管，胃等的烧伤，坏死，甚至穿孔等，但这些并发症严重的相对较少。