巧克力囊肿术后，如腹腔镜手术恢复比较快，通常两周后即可开始正常性生活。应注意避免不洁性生活，以免造成下身病原体上行感染，导致腹腔感染。

巧克力囊肿术后身体抵抗力较低，如果此时手术部位有炎症反应，容易发生感染造成蔓延，导致形成炎性包块。通常建议应在术后两周，或月经来潮后再开始正常的性生活，同时应严格注意避孕，首选避孕套较经济、安全、方便。