益生菌主要用于改善肠道菌群失调引起的各种急性或者慢性腹泻，改善由于肠道菌群失调引起的便秘、腹胀、消化不良等症状。益生菌由于是活菌制剂，所以通常需要冷藏保存，保持细菌活力，才能在肠道内增殖，发挥作用，所以这类药在服用时不能用过热的水，应该用温水或者凉水送服。
益生菌制剂一般是肠溶胶囊，服用时避免打开胶囊，因为打开胶囊直接吃里面的菌粉，在胃内大部分活菌可能被胃酸杀死，无法到达肠道发挥作用，所以要带着胶囊服用。在某种情况下可以打开胶囊服用，比如婴儿服用时可以打开胶囊。
益生菌不能和抗生素同时服用，如果一定要服用抗生素，最好间隔2-3个小时。此外，这种药不能和治疗胃病的铋剂同时服用，因为铋剂会吸附和减弱益生菌的活力。
